Thế kỷ II, trong thư gửi giáo dân Rô-ma, Thánh Đionisio (166-174) Giám mục Corinto cũng quả quyết giáo đoàn này do hai tông đồ Phê-rô và Phao-lô thành lập.

Không có tài liệu chắc chắn cho chúng ta biết là Phêrô đến Rô-ma vào năm nào. Các sử gia thời thượng cổ chỉ tin rằng Phêrô đã điều khiển giáo đoàn Rô-ma trong 25 năm. Truyền thống cho rằng, ông làm Giám mục ở Rô-ma từ năm 42. Tuy nhiên điều chắc chắn là vào khoảng năm 44, Phêrô mới đi khỏi Jêsusalem và năm 49 lại có mặt tại đó để chủ tọa công đồng.

Có sử gia cho rằng sau khi đi khỏi Jêsusalem vào năm 44, Phêrô đã qua Antiokia, rồi sang Rôma, rửa tội cho nhiều người trong số ấy có gia đình ông bà Aquila và Priscilla, và tổ chức một giáo đoàn khá lớn ở đó, song chỉ được mấy năm, vị tông đồ phải rút khỏi do lệnh của hoàng đế Claudius trục xuất người Do Thái vào khoảng năm 46.

Nhưng lại có ý kiến khác cho rằng, thời ấy nhiều giáo đoàn chỉ được một vị tông đồ ở xa điều khiển. Nếu Phaolô, đang khi ở Epheso vẫn điều khiển hai giáo đoàn Philip và Thessalonic mà không cần đến vị nào khác, thì Phêrô, tuy còn ở trong xứ Judea ngài cũng có thể điều khiển giáo đoàn Antiokia, Bithynia và Rô-ma nữa. Theo ý kiến này thì Phêrô chỉ tới Rôma sau năm 50.

Cho tới thế kỷ XIV, không có ai đưa ra nghi vấn về việc Phê-rô đến Rô-ma và chịu tử đạo tại đây. Nhưng đầu thế kỷ XIV, Marsillius thành Padua làm có vấn cho Ludwig xứ Bavaria, hoàng đế La Mã Thần Thánh (1328 – 1346) đã cho ra đời cuốn Defensor Pacis (1324) phủ nhận quyền tối thượng của ngôi Giáo hoàng, trong đó ông đưa ra nghi vấn về việc Phê-rô đến Rô-ma. Nhà thần học Hans Kung cũng chỉ ra, không có bất cứ chỗ nào trong Tân Ước cho thấy Phêrô đến Rôma, hay nhắc tới một người kế vị nào của Phêrô tại đây. Ngoài ra, các nhà khảo cổ học cũng chưa thành công trong việc thẩm định hoàn toàn về lăng mộ của ông bên dưới nhà thờ Thánh Phêrô.[17]

Những căn cứ về việc Phê-rô tới thủ đô Rô-ma có thể kể đến là:

• Thư của Giáo hoàng Clêmentê gửi cho Côrintô (vào cuối thế kỷ thứ 1, khoảng năm 95-96), nói tới những cuộc bách hại vừa xảy đến cho các Kitô hữu vào thời Hoàng đế Nero, và Phêrô là một trong số các nạn nhân (1Cor 5,4-5).
• Thánh Inhaxiô Antiôkia khi viết thư cho giáo đoàn Rôma (khoảng năm 107), đã nói rằng "tôi không ra lệnh cho anh em như ông Phêrô và Phaolô đâu" (Ad Romanos 4,3); có vẻ như ngài đã thú nhận rằng uy tín của hai tông đồ rất đáng kể đối với cộng đoàn Rôma. Ở cuối thư thứ nhất của Phê-rô gửi Pontô, Galat, Cappadoxia, Asia, Bitinia, (5, 13), tác giả cho biết thư được viết từ Babilon, tức kinh thành giáo dân, thời đó quen ám chỉ Rô-ma.
• Từ hậu bán thế kỷ thứ 2, nhiều tác phẩm ra đời nói về các cuộc hành trình của Thánh Phêrô (Periodoi Petrou) cho tới lúc chịu tử đạo. Theo Giám mục Papias, Giám mục già ở Á Châu (Hiérapolis), người biết các môn đệ trực tiếp của các Tông Đồ thì phúc âm của Marcô là thủ bản ghi lại bài giảng của Thánh Phêrô ở Rô-ma. Bản văn của linh mục Gaius (thuộc hàng giáo sĩ Rôma) được viết khoảng năm 200 và được sử gia Eusêbiô trưng dẫn (Hist, Eccl, II, 25,7).
• Trong cuộc tranh luận với Prôclô, Gaius đã khẳng định hai ngôi mộ của Thánh Phêrô tại Vatican và của Thánh Phaolô trên con đường Ostiense. "Tôi sẽ chỉ cho quý vị đài tưởng niệm của hai tông đồ, hoặc quý vị tới đồi Vatican hay đi trên đường Ostia, quý vị sẽ thấy trước mắt đài kỷ niệm người thiết lập Giáo hội chúng ta". Ngoài ra còn có danh mục Libêriô (ghi danh sách các Giám mục Rôma tới thế kỷ IV) lập đời Giáo hoàng Libêriô (352-366); Thư Thánh Irênê Giám mục Lyon khoảng 180 (Adv. Haereses); Thư của Giám mục Đề-ny (Dionisius) thành Côrintô đồng thời Thánh Irênê gửi giáo dân Rô-ma khoảng năm 170; Thư của Tertullianus (trong De Praescriptione Haeretic và Carminibus adv. Haereses). Origenes viết " Thánh Phê-rô đã đến Rô-ma và chịu đóng đinh lộn ngược". Khảo Cổ Học cho thấy từ thế kỷ III, các Kitô hữu ở Hang Toại Đạo đã kính nhớ hai Thánh Tông Đồ.